保密与保卫是两种不同性质的工作。二者在领导、管理和保护的目标、方式、手段等方面都有明显的区别。主要表现在：
（1）目标和目的不同。保密工作的目标是国家秘密，是在一定时间内只限一定范围的人员知悉的秘密信息。这种信息的知悉范围是可以控制的。保密工作的目的是保障国家秘密的安全。保卫工作的目标是重要人员、重要设施、重要部位和区域等，这些目标是可以被公众知悉，是无法控制知悉范围的。保卫工作的目标是保障被保护对象的安全，维护正常的秩序。
（2）所适用的法律规定不同。保密工作主要依据《保密法》及其配套法规。保卫工作主要依据安全保卫方面的有关规定。
（3）对目标保护的方式不同。保守国家秘密的主要方式，是通过机关、单位的涉密人员严格遵守保密法律、法规、制度，对国家秘密采取严格的保密措施（包括技术措施），防止国家秘密被泄露或被窃取。保卫则主要是由保卫部门采取警卫、守护、设置警戒范围和实施武装保护等方式，防范外界对目标的攻击、伤害和破坏。
保密和保卫又有一定的联系，在许多情况下，保密需要保卫作保障，例如，对涉密要害部门部位、涉密会议场所以及重要国防保密工程、设施的保护，涉密产品的制作、运输、使用、存放等环节，都需要设置警卫，采取保护措施，如果离开保卫工作，就会泄露其中的秘密信息。因此，在实际工作中，既不能将保密与保卫混为一体，又不能将其完全分开。