我们可以通过关闭系统默认的自动播放功能，来防止插入带毒U盘系统就会自动感染病毒的情况发生。关闭自动播放功能的办法有多种，如插入U盘时按住“Shift”键，修改注册表有关键值，禁止Shell Hardware Detection服务等。但简单易行的做法是使用组策略，一次性全部禁用Windows的自动播放功能。以WindowsXP为例，其步骤是：点击“开始/运行”，在文本框中键入“gpedit.msc”并运行，打开“组策略”窗口；在左侧栏的“本地计算机策略”下，打开“计算机配置/管理模板/系统”对象，然后在右侧栏的“设置”标题下，双击“关闭自动播放”；选择“设置”选项卡，勾取“已启用”选项，然后在“关闭自动播放”下拉框中选择“所有驱动器”，单击“确定”退出。这种方法只是不让病毒自动运行，要想安全打开U盘，还应仔细操作，否则一不小心就会运行病毒。
还有一种预防措施，对很多U盘病毒非常有效。其方法是：在U盘根目录下建立一个文件夹，将其命名为Autorun.inf。由于Windows系统规定在同一目录中，同名的文件和文件夹不能共存，这样病毒就不能创建Autorun.inf文件，无法感染这个U盘。目前很多杀毒软件和安全工具，就采取这一措施，使得U盘具有一定的免疫功能。
如果系统不幸感染U盘病毒，通常应升级杀毒软件的病毒库，重新启动后进入安全模式下全面杀毒。杀毒前切记不要双击驱动器盘符，避免病毒的再次运行。如果此时想打开硬盘，可以通过资源管理器左侧栏点击进入。如果杀毒失败需要重装系统，则应注意重装后只有C盘中的病毒被清除掉了，其他盘中的病毒依然存在，双击其他盘符时病毒会重复感染系统。